在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
企图占领地球的咒冥帝被打败掉进一座黑洞监狱——幽冥狱，发现了北斗星王关押着的三十六天罡星机械兽！咒冥帝便利用自己仅存的能力将机械兽逐一传送到地球夺取天罡星盘，企图利用天罡星盘帮助自己逃离黑洞。地球的守护卫士神兽战队的超人们获得了更强的星甲力量升级为神兽星甲战队，为保护地球与机械兽们展开了一场又一场的战斗！
自从晴天霹雳被宇宙护卫队赶走以后，地球上已经很久没有晴天霹雳的消息了。这一次，晴天和霹雳从达尔文星带来了几个帮手，为了迎接未知的挑战，四位护卫队员升级了各种装备，守护地球！
景翰八年，武朝北地邻国酣战，南方暂安。宁毅与苏檀儿来到霖安城行商时突遇地龙翻身，匪寇十三军趁势攻陷霖安，致夫妻二人忽逢离乱。被俘虏的宁毅相继结识十三军头目刘西瓜、陈凡等人，他们彼此惺惺相惜，亦敌亦友。在家国纷争间，大儒卫道，豪杰并起，天下风云变……
